DNA online practicum

practicum DNA online In dit practicum ga je onderzoek doen naar DNA met behulp van de computer. Je gaat op speurtocht in een DNA-database en je gaat op internet verschillende toepassingen van bio-informatica onderzoeken om meer te weten te komen over het werkveld van de bio-informaticus. ‘ Opdracht 1: Databases Kees (van het interview op bladzijde 1) werkt met databases. In dit practicum ga jij ook aan de slag met een database. Maar wat is een database eigenlijk? Ga naar http://nl.wikipedia.org/wiki/Database A. Wat is een database en waar dient zoiets voor? ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

B. Kees Burger is werkzaam bij het Netherlands BioInformatics Centre (NBIC). Een van zijn werkzaamheden is het koppelen van databases. Wat houdt dat in? ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

C. Noem een overeenkomst tussen Wikipedia en databases. ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

‘ Opdracht 2: Het mysterie rondom een broodje döner Een goed broodje döner kebab bevat lamsvlees. Toch blijken veel döner-verkopers te kiezen voor een goedkopere variant: vlees van rund, kip of kalkoen. Voor het televisieprogramma Keuringsdienst van Waarde wordt het DNA uit het vlees van broodjes kebab geanalyseerd in een laboratorium. Aan jou de taak om te kijken wat de herkomst is van het vlees uit de döner kebab van een kraam op de Dappermarkt in Amsterdam. Je collega heeft het DNA geïsoleerd en de volgorde van de nucleotiden bepaald. Jij krijgt de volgende code van een stukje DNA uit een broodje kebab: atggggctca gcgacgggga atggcagttg gtgctgaatg cctgggggaa ggtggaggct ggtgtcgcag gccatgggca ggaggtcctc atcaggctct tcacaggtca tcccgagacc ctggagaaat ttgacaagtt caagcacctg aagacagagg ctgagatgaa ggcctccgag gacctgaaga agcatggcaa caccgtgctc acggccctag ggggtatcct ggaaaagaag ggtcaccacg aggcggaggt gaagcacctg gccgagtcac acgccaacaa gcacaagatc ctgtcaagt acctggagtt catctcggac gccatcatcc atgttctgca tgccaagcat ccttcagact tcggtgctga tgcacagggc gccatgagca aggccctgga actgttccgg aacgacatgg ctgcccagta caaggtgctg ggcttccagg gctaagcccc acccctgtgc ccctcaccct acccacctgg gcagggcagg cagggactga atcccaagta gttatagggt ttgcttctga gtgtgtgctt tgtttaggag aggtgggtgg aagaggtgga

DNA online

...................................................................................................................................................

Om hiervan de herkomst te kunnen bepalen moet je gebruik maken van BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). A. Zoek op waar BLAST voor wordt gebruikt: http://nl.wikipedia.org/wiki/BLAST ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

Ga naar de website van het National Center for Biotechnology Information: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Dit onderzoekscentrum biedt allerlei verschillende tools en software voor bio-informatici. Ga op de site naar BLAST. Tip: kan je niet direct de link vinden, zoek hem dan op via de ‘Reseource List (A-Z). Met BLAST kun je zoeken in verschillende databases. Hierin staat de DNA-volgorde van allerlei verschillende organismen. B. Noem drie organismen waarvan genetische informatie beschikbaar is voor BLAST. ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

Je gaat nu het DNA uit het broodje identificeren. Klik op hiervoor op nucleotide blast. Je krijgt nu een scherm met onder andere een tekstvak.

DNA online

> Type in het tekstvak horende bij Enter Query Sequence “>doner”. Geef een enter en voeg de nucleotidenvolgorde toe, zoals hieronder weergegeven. Om gemakkelijk te kunnen kopiëren en plakken staat de code in een .txt-bestand. Dit bestand kun je downloaden via http://onderwijsmiddelen.c3.nl/leermiddel/lesmodule-dna-online/

> Klik op de knop BLAST. De zoekmachine is nu aan het zoeken door duizenden nucleotidenvolgordes, ook wel sequenties genoemd. Het kan een paar minuten duren voordat je resultaat krijgt. > Als de zoekopdracht is gelukt krijg je nu een lijst te zien van sequenties die in de database staan en lijken op de sequentie die jij hebt ingevoerd. Dit wordt eerst weergegeven met een afbeelding met gekleurde lijnen, daarna volgt een tabel. > Scroll naar de tabel en bekijk de kolom ‘identity’. Deze kolom geeft aan in hoeverre de ingevoerde sequentie overeenkomt met de sequenties in de database. Hoe hoger de ‘identity’ hoe beter de match. > Klik op de regel met de hoogste ‘identity’-score. C. Uit welk dier komt het DNA? (hint: zoek de wetenschappelijke naam van het dier op via google) ...................................................................................................................................................

D. Kun je met behulp van deze DNA-test achterhalen of het vlees afkomstig is van een jong of een volwassen dier? ...................................................................................................................................................

‘ Opdracht 3: Meer over de opleiding bio-informatica Ga naar www.proef.info. Op deze website vind je informatie over hbo-opleidingen in de Applied Sciences. Bestudeer de website en beantwoord de volgende vragen. A. Sander Timmer heeft bio-informatica gestudeerd en werkt nu met computers. Je vindt een interview met hem op de website (tip: zoek op ‘Sander’). Sander geeft twee redenen waarom hij bio-informatica zo speciaal vindt. Noem deze twee redenen. ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

B. Aan welke hogescholen in Nederland kun je een hbo-opleiding bio-informatica volgen? ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

C. Aan welke toelatingseisen moet je voldoen als je na je havo-opleiding aan de hbo-opleiding bio-informatica wilt beginnen? ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

D. Zou de opleiding bio-informatica iets voor jou zijn? Leg uit waarom wel of niet. ...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

...................................................................................................................................................

DNA online

...................................................................................................................................................