Viroses respiratoires

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Viroses respiratoires -

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Il existe deux types de virus : o Virus qui donnent des infections respiratoire aigues localisés o D’autres qui utilisent des portes d’entrée respiratoires et donnent des infections généralisées Infections uniquement respiratoires : o Virus influenzae A, B, C (grippe) o Virus respiratoire syncytial A B (VRS ++ chez nourrisson bronchiolite) o Métapneumovirus humain o Virus parainfluenzae 1, 2, 3 et 4 o Adénovirus o Picornavirus : Rhinovirus (rhume, centaine de phénotypes différents) et entérovirus (peut donner symptomato dig ou méningée) o Coronavirus OC 43 et 229 E (SARS : infection respi aigue en Asie 2003) Viroses à portes d’entrées respiratoires : o Rougeole o Oreillons o Rubéole o Herpes simplex virus o Varicelle zona virus o Cytomégalovirus o Epstein Barr virus o HHV6 et 8 o Hanta virus (contamination par les rats cf. yocenites aux USA infection respiratoire et rénales sévères) o Etc…

1 Les infections respiratoires 1.1 Répartition des agents viraux à tropisme respiratoire

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1.2 Etiologie virales Virus grippal

Parainfluenza

VRS

Adénovirus

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±

±

±

Autres Rhinovirus

Rhinite

Coronavirus HSV, EBV, HIV

Rhinopharyngite Pharyngite

++

++

+

++

Angine

Coxsackievirus A16 Pied/main/bouche

Laryngite Bronchite

+

++

Coronavirus

++++ (BB)

±

+

+

Rhinovirus

Bronchiolite Syndrome grippal

++++

+

Rougeole Pneumopathie

+

++

+

++ CMV, HSV, VZV

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Syndrome pied main bouche coxsackiev Bronchiolite chez nourrisson : VRS contagieuse ++, le diagnostique doit être rapide Pneumopathie : autres virus chez patients immunodéprimés

1.3 Diagnostique biologique viral -

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Sur prélèvement direct ++ pas de sérologie pour les infections respiratoires o Aspiration naso pharyngé, (LBA si gravité) o Ecouvillonnage gorge nez pour nourrisson o Eviter expectorations +++ Puis diagnostic direct o en période épidémique, premier réalisé : test rapide (VRS, grippe) o amplification génique par PCR (multiplex respiratoire) recherche dizaine de virus en mm temps en deuxième intention (immunodéprimés) o immunofluorescence, culture de moins en moins Sérologie ---

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2 La grippe 2.1 La grippe : maladie -

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Le virus pénètre dans l’organisme par le biais de la sphère ORL (bouche, nez yeux = portes d’entrée par gouttelettes de salive) incubation très rapide 48h (moment où l’on est contagieux) Réplication dans les VAS (Voies aériennes sup.) ou VAI (inf.) Symptômes : apparaissent après 1 semaine (4 à 5 jours), Mais parfois plus long : o portage plus important chez enfants (principaux porteurs durant les épidémies) o portage plus prolongé chez l’immunodéprimé 2.1.1 Physiopathologie

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Localisée à l’arbre respiratoire Inhalation et multiplication du virus dans l’arbre respiratoire cilié avec nécrose de tout l’épithélium et disparition des cils réversible, d’où grande sensibilité à l’infection bactérienne : la plus grande complication de la grippe est surinfection bactérienne. Virus ne traverse pas le mb basal : pas de virémie +++ Réaction de l’organisme : nécrose et hypersécrétion de mucus bronchique (qui facilite infection car permet la stagnation des bactéries) Fièvre et myalgie dues à la sécrétion de cytokines : IFN et IL 6 2.1.2 Diagnostic clinique de la grippe vs rhume

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Signes et symptômes

Grippe

Rhume

Début

Brutal

Progressif

Fièvre – frissons

Caractéristique et élevée (38 à 40°C)

Rare

Toux

Courante et plus sévère

Moins fréquent

Céphalées

Prononcées

Moins fréquentes

Myalgies

Précoces, prononcées

Moins fréquentes

Malaise général

Précoce et prononcé

Peu fréquent

Rhinorrhée

Claire ± obstruction nasale

Profuse et fréquente

Peu de virose donnent une fièvre élevée : grippe et rougeole Chez l’enfant : un taux d’attaque élevé favorisé par : o Les conditions de vie (espaces semi clos : crèches, école) 3

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o o o o

La fratrie >3, taux de contamination parents + importants Titre viraux + élevé dans sécrétions naso phx Portage prolongé (environ 10 jours) L’enfant est une source de dissémination dans l’entourage et la collectivité

2.1.3 Influenzae virus : (aigue) -

Forme grave o surinfection bactérienne : nécrose + mucus = site privilégié de multiplication bactérienne => responsable du V grippal (début brutal, fièvre élevé, puis diminue, ensuite la fièvre ressurgie, d’où le V) ++ alerte surinfection bactérienne o pneumonie grippale primitive : chez patient à atteinte cardiaque, donne forme grave avec nécrose, œdème hémorragique massif, sur IC ou IRespi o personnes fragilisées par bronchites chroniques, DDB mucoviscidose, femme enceinte, pers âgées 2.1.4 Traitement

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Inhibiteur de la fusion (protéine M2) o Amantadine (Mantadix®) et Rimantidine (Ex : Roflual®) o Grippe A uniquement, Roflual® retiré Inhibiteur de la neuraminidase A+B o Zanamavir inhalé (Relenza®) o Oseltamavir (Tamiflu® per os) o Le traitement peut être Préventif ou curatif Tamiflu en pratique : o PO o Gélules 75mg matin et soir 15 jours en curatif o En prophylactique 75mg par jour pendant 10 jours o Il existe des résistances à ce traitement (cas du patient VIH + résistant tamiflu) o Pas d’AMM avant 1an et chez la femme enceinte, mais à utiliser lors d’un cas confirmé (bon rapport bénéfice/risque) o Adaptation de la dose chez l’insuffisant rénal Relenza en pratique : o Poudre par inhalation o Curatif 2 inhalations 2x par jour 5 jours et prophylaxique deux par jour pendant 10 jours o Rapport bénéfice/risque chez la femme enceinte à apprécier o Risque de bronchospasme (Donc attention si Asthme et BPCO)

2.2 La grippe : le virus -

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Famille : orthomyxoviridiae Genre : influenza virus ABC Génome ARN monocaténaire (-), linéaire, segmenté (7-8 fragments)

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Capside hélicoïdale Virus enveloppé donc transmission par contact rapproché peut résistant en milieu extérieur Taille imp. 80 nm de diamètre 2.2.1 Les virus grippaux – Nomenclature

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A (Animal + humain, sporadique, épidémique et pandémique) o H : hémagglutinine : 16 types. Mutations et réarrangement responsable de pandémie et formes grave (H et N correspond glycoprotéine a la surface) o H permet attachement du virus aux cellules o N : neuraminidase : 9 types. Mutations donnent des formes plus atténuées (épidémies versus pandémies) o N permet de couper la liaison au mucus (détachement des nouveaux virions) B (Humain, épidémique, enfant) C : rares cas sporadiques chez l’homme H et N mentionné que pour type A (que pandémie que pour type A)

2.2.2 Epidémiologie -

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Influenzae : influenzae di freddo ; myxovirus = mucus o Virus épidémique en zone tempérée hivernale (mi automne à mi printemps) o Virus endémo-épidémique en zones humides Réservoir o Type A humaine et animal (porc cheval baleine phoque) mais surtout oiseaux, épidémie annuelle et pandémies o Type B homme et phoque : épidémies anuelles o Type C homme et porc o Seul le virus grippe A est commun aux humains et animaux Les trois premiers types d’H (H1 H2 H3) sont celles qui circulent chaque année (chez l’oiseau : 16 types différents ils sont responsable de nouveaux réarrangement variabilité de souche virale impressionnante en baie de somme) 3 à 4 pandémies par siècle

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2.2.3 Histoire naturelle de la grippe

2.2.4 Les variations -

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Variations mineures o Glissement antigénique : HA-NA (drift) o substitution d’acides aminés o Pression de sélection Variations majeures o Saut antigénique - nouveaux segments (shift) Echange et apparition de nouveau virus o Cellules doublement infectées

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2.2.5 La vaccination -

Prévention efficace Durable tout l’hiver Protection partielle (60-90% de sujets protégés) Nécessité d’injection annuelle Nécessité de mise à jour de la composition* Utilisation difficile en cas de pandémie On prend les souches de l’hémisphère sud pour préparer les vaccins pour l’hémisphère nord en hiver Vaccins grippal : trivalent o 2 souches A (H1N1 et H3N2) et 1 B pour hiver 2011-12 o Cette année : même souche H1N1 mais H3N2 nouvelle et la B nouvelle aussi

3 VRS -

Genre pneumovirus A et B ARN simple brin linéaire non segmenté Famille pramyxovirus 150 à 250 nm Capside hélicoïdale Enveloppe Atteintes clinique : o Tractus respiratoire supérieur o Tractus respiratoire inférieur (Infection chez les nourrissons et jeunes o Enfants) o Infections ± symptomatiques chez les adultes

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3.1 Epidémiologie -

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En zones tempérées : les épidémies, culmine en décembre / janvier, durée moyenne de 3 à 5 mois En France : surveillance de la bronchiolite du nourrisson Epidémiologie Le virus ne varie pas, il est non segmenté ; MAIS mauvaise qualité de l’immunisation naturelle (donc recirculation du virus tous les hivers) 460 000 cas par hiver ; augmentation constante chaque année Incubation 2 a 4 jours Asymptomatique +++ (vecteurs porteurs) Bronchiolite du nourrisson ++ ppale forme clinique : o Dyspnée avec bronchospasme et encombrement important o Gravité pour nourrisson < 3mois, pathologies, 0.5% de mortalité o Type A > B Rhinite, pneumonies, otites

3.2 Formes compliquées du VRS : -

Bronchospasmes importants DRA Surinfection bactériennes (ID ; malformations congénitales)

3.3 Prévention et traitement -

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Excrétions longue et contagiosité +++ par voie aérienne o ce qui oblige diagnostic rapide enfants et isolement de ces derniers o en période hivernale, dépistage par test rapide aux urgences pour les enfants, afin qu’ils soient pris en charge rapidement en pédiatrie Kinésithérapie ++ ± traitement aérosol à la ribavirine (Virazole®) ± Acm anti-VRS (Palivizumab, Synagis®)

4 Para influenza et rhinovirus -

Pas à apprendre, cf diapos pour plus d’infos !

5 Virus des oreillons = virus ourlien -

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Même famille que VRS donc même caractéristique viral (ARN simple brin non segmenté, capside hélicoïdale et virus enveloppé) 1 seul type antigénique : production que d’un seul type d’anti corps neutralisant par l’immunité acquise. Cela a permis de produire un vaccin. Pathologie : o 1/3 des infections sont inapparentes

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o Infections endocriniennes ou neurologiques (penser à méningite à oreillons) o En cas de grosses, pas de malformations mais avortement possibles en début de grossesse.

5.1 Epidémiologie du virus ourlien -

Avant vaccination : infection endémique très contagieuse, bonne immunité avant que le vaccin existe car enfant rencontrait tjrs le virus et s’immunisait. Aujourd’hui avec le vaccin, on observe quelques cas (cas importés ou enfants non vaccinés) Prédominance l’hiver ou début du printemps (janvier à mai) Virus transmis par les sécrétions pharyngés par enfant infectés

5.2 Physiopathologie -

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L’Incubation plus longue de 20 jours environ Multiplication dans les muqueuses respiratoires puis virémie (passage dans le sang : donc immunité et synthèse d’Ac qui peuvent bloquer le virus) puis atteinte des systèmes glandulaires (parotidites et orchites) et/ou du SN Donc premier test ; recherche d’Ac dans le sang

5.3 Clinique -

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Forme classique : o Infection respiratoire au démarrage o Fièvre modérée et céphalée o Parotidite : douleurs rétro auriculaire et gène a la mastication 10 jours après le début de la contamination  Tuméfaction parotidienne bilatérale dans 70 % des cas o Méningite fréquente et bénigne (15% des cas) 2eme cause de méningites après les entérovirus chez le sujet jeune Complications possibles : o méningite lymphocytaire aigue, encéphalite ourlienne rare o surdité transitoire dans 4% des cas o orchite dans 20% des cas des infections post pubertés bilatérales dans ¼ des cas, ovarite bcp plus rare o pancréatite (SEUL CAS EN VIRO OU L’ON PEUT AVOIR UNE PC) amylase augmentée dans ce cas, peu fréquente (0,04%), donc ne pas oublier sérologie lors de ce virus pour éliminer cette cause possible de PCC  ECN o femme enceinte ; risque avortement début de grosses mais pas de malformations congénitales Multiplication du virus aux glandes salivaires, disséminations par les sécrétions salivaire, passage dans le sang, vers la rate et tissus lymphome, puis s’oriente vers organes cibles (tissus glandulaire et SN)

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5.4 Diagnostic biologique -

Sérologie +++ recherche IgM : témoin d’une primo-infection aigue (sérum ou LCS) IgG pour savoir si déjà été en contact lorsqu’on ne sait pas si il a été vacciné Symptomatologie de type méningite : sérum et ponction du LCR ou l’on peut rechercher par PCR si présence du virus avec recherche d’Ac en parallèle En cas de diagnostic différentiel, bilan avec amylasémie et amylkasurie augmentée si retentissement pancréatique, et en cas de suspicion de méningite, amplification PCR du LCR

5.5 Prévention par vaccination -

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Vaccin trivalent : ROR (Rougeole Oreillon Rubéole) o Rubéole : souche RA 27/3 atténuée (virus vivant dans le vaccin ! se multiplie quand injecté : donc vaccins contre indiqué chez paient ID et femme enceinte) o Rougeole : souche Schwarz atténue o Oreillons : souche Urabe AM 9 Administration 1ere dose à 12mois Administration 2eme dose : rappel entre 3 et 6 ans o Seconde dose : Ce n’est pas un rappel (car immunisation de longue durée acquise avec la 1ère injection) mais un rattrapage pour les enfant non séroconvertis Rattrapage: 11-13 ans, enfants n ’ayant pas été vacciné

6 Herpesviridae 6.1 Généralités -

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Famille des herpesviridae, qui contient plus de 100 espèces (8 strictement humaines) Classification : o HSV 1 et 2 o VZV o CMV o EBV o HHV 6, 7 et 8 Sous familles : o Alpha  Simplexvirus : HSV-1 et HSV-2  Varicellovirus : VZV o Bêta  Cytomegalovirus : CMV  Roseolovirus : HHV-6, HHV-7 o Gamma

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 

Lymphocytovirus : EBV (Epstein-Barr) Rhadinovirus : HHV-8

6.2 Structures générale des particules virales -

acide nucléique : ADN bicaténaire linéaire capside ICOSAEDRIQUE virus a enveloppe présence d’un tégument entre l’enveloppe et la capside grosse particule de diamètre 120 à 200 nm Prévalence de 95% chez l’adulte

6.3 Réplication -

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Virus capable de rentrer en latence puis de se réactiver. Le cycle de réplication ou de latence est dû à la synthèse de protéines particulières. o Gènes α  protéines très précoces activent β o Gènes β  protéines précoces activent γ o Gènes γ  protéine tardives de structure En phase latente uniquement les protéines très précoces sont synthétisées

6.4 Latence virale -

Infection latente à vie dans l’organisme Réactivation à l’origine de réinfections endogènes Excrétions intermittentes du virus Présence de l’ADN viral sous forme d’épisome (ADN circulaire du génome viral, sorte de plasmide planqué dans les cellules infectés) 11

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7 EBV 7.1 Historique: -

Découvert par Epstein et Barr en 1964 dans une tumeur (lymphome malin africain ou lymphome de Burkitt) Agent de la mononucléose infectieuse (MNI) Associé à des lymphomes chez l ’ID 90% de la population présente des anticorps Cellule cible : lymphocyte B

7.2 Epidémiologie et pouvoir pathogène -

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Epidémiologie : o Séroprévalence ≈95% à l’âge adulte o Infection généralement asymptomatique